חנך לנער על פי דרכו" יש לכוון את החניך בהתאם לדרכו המיוחדת לו בעתיד, ההולמת את התכונות והנטיות הרדומות בעמקי נפשו, וכך לחנך אותו לקראת המטרה הטהורה, האנושית והיהודית כאחת.
[בראשית פרק כה פסוק כז]
התפיסה החינוכית מבוססת על ההנחה, שכל תלמיד הוא עולם מלא, השואף להתפתח, ללמוד ולהגיע למימוש עצמי, רוחני ואישי. התורה הקדושה היא 'תורת חיים', תורה שמתמזגת עם המציאות האנושית, ויכולה להיות 'תורתו' של כל תלמיד בהתאם לתכונות נפשו ויכולותיו.
לחינוך בישיבה, יש כמה גישות: גישה שפונה אל הלב, וגישה שפונה אל התבונה, בבחינת 'וידעת היום' 'והשבות אל לבבך'.
פניה אל התבונה ואל השכל, מתוך הבנה, שבאמצעות תהליכי חשיבה, אדם לומד את תורת ה', את עצמו ואת העולם שמסביבו. חינוך שנוגע 'בנשמת התורה' הוא חינוך שמכיר לאדם את עולמו הפנימי והחיצוני, באמצעות המפגש בין ערכי התורה לעולמו הפנימי של התלמיד.
הפנייה אל הלב, נעשית מתוך הבנה, שהחיים בנויים על 'אהבת חסד', על רגשות וחיי חברה, על חוויות ושיתופי פעולה. חינוך שנובע מקשר של קיימא ביחסי רב ותלמיד. תלמיד שחווה הערכה והצלחה, גודל לתלמיד חכם השלם באישיותו ובתורתו.